Στόχος του Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών «Ιστορία και Τεκμηρίωση» και των επί μέρους κατευθύνσεών του είναι η επιστημονική κατάρτιση των σπουδαστών στις αντίστοιχες περιόδους της Ιστορίας και περιλαμβάνει τα ακόλουθα στάδια: α) Εξοικείωση των σπουδαστών με την μεθοδολογία, τα εργαλεία καθώς και τα προβλήματα της έρευνας της Ιστορίας, β) Εφαρμογή σύγχρονων αναλυτικών και συνθετικών μεθόδων και τεχνικών στο πεδίο των Ιστορικών Σπουδών, γ) Προαγωγή της επιστημονικής γνώσης κυρίως μέσω της διεπιστημονικής συνεργασίας και του διαλόγου με συγγενικούς για το κάθε γνωστικό πεδίο κλάδους.
Το μεταπτυχιακό πρόγραμμα σπουδών απευθύνεται προς όλους όσους επιθυμούν να εμβαθύνουν σε επί μέρους ζητήματα της ιστορικής έρευνας και να αποκτήσουν μία σφαιρική θεώρηση των σύγχρονων προσεγγίσεων στην επιστήμη της ιστορίας και συμβάλλει στην εξειδίκευση και την επαγγελματική κατάρτιση των σπουδαστών.