Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) έχει ως αντικείμενο τη μελέτη προϊόντων φυσικής προέλευσης (δρόγες, φαρμακολογικές ιδιότητες, δραστικά συστατικά), τις φυτοχημικές ομάδες (βιοσύνθεση, χημεία, φαρμακοδυναμικές ιδιότητες), τον ποιοτικό και ποσοτικό έλεγχο (μακροσκοπικό, μικροσκοπικό, φυτοχημικό, φυσικοχημικό, φασματοσκοπικό), τον καθορισμό δομής με φασματοσκοπικές μεθόδους, την ημισύνθεση φυσικών προϊόντων, τη μελέτη συστατικών της διατροφής και φυσικές πρώτες ύλες καλλυντικών, τη Θαλάσσια φαρμακογνωσία και Χημική Οικολογία, τη Βοτανική οργανισμών φαρμακευτικού ενδιαφέροντος, τις βασικές αρχές Βιοτεχνολογίας, Ιστοκαλλιέργειας και Βιολογικών ελέγχων.
Σκοπός του ΠΜΣ είναι: η παραγωγή και η μετάδοση της γνώσης, μέσω της έρευνας και της διδασκαλίας, και η προετοιμασία των φοιτητών για την εφαρμογή της στο επαγγελματικό πεδίο, καθώς και η ανάπτυξη της κριτικής ικανότητας και των δεξιοτήτων τους, με βάση την επιστημονική και τεχνολογική έρευνα κατά τα διεθνώς αναγνωρισμένα πρότυπα στο ευρύτερο γνωστικό αντικείμενο της Φαρμακογνωσίας και Χημείας Φυσικών Προϊόντων.