Αντικείμενο του Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) είναι η προαγωγή της επιστήμης και έρευνας στο γνωστικό πεδίο της «Φαρμακευτικής Τεχνολογίας». Στο γνωστικό πεδίο περιλαμβάνονται η μελέτη φυσικοχημικών χαρακτηριστικών, διερεύνηση νέων θεωριών κατανόησης και ερμηνείας ιδιοτήτων φαρμακευτικών ουσιών και εκδόχων καθώς και μελέτη και ανάπτυξη νέων φαρμακοτεχνικών διεργασιών αρχών και αναλυτικών μεθόδων που προάγουν την ανάπτυξη της Φαρμακευτικής Τεχνολογίας και Ανάλυσης.
Σκοπός του Π.Μ.Σ. είναι η παροχή γνώσεων ώστε να επεκταθεί και να εμβαθύνει το επιστημονικό υπόβαθρο στο πεδίο της Φαρμακευτικής Τεχνολογίας και συγκεκριμένα της ανάπτυξης νέων φαρμακευτικών μορφών καλύτερης απορρόφησης και αποτελεσματικότητας, βελτιωμένης στόχευσης, λιγότερων παρενεργειών και μικρότερου κόστους παραγωγής.