Tο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης ιδρύθηκε το 1925 με εισήγηση του Αλεξάνδρου Παπαναστασίου και άρχισε να λειτουργεί με πέντε Σχολές: τη Θεολογική, τη Φιλοσοφική, τη Σχολή Νομικών και Οικονομικών Επιστημών, την Ιατρική και τη Σχολή Φυσικών και Μαθηματικών Επιστημών. Η Σχολή Φυσικών και Μαθηματικών Επιστημών συμπληρώθηκε σταδιακά με το Φυσικό, το Μαθηματικό, το Χημικό, το Φυσιογνωστικό (Βιολογικό-Γεωλογικό) και το έτος 1955 με το Φαρμακευτικό Τμήμα.
Το Τμήμα Φαρμακευτικής ιδρύθηκε το έτος 1955 στα πλαίσιο της τότε Φυσικομαθηματικής Σχολής του Α.Π.Θ. (ΦΕΚ Α’ 226, 24-8-1955), με πρόβλεψη είκοσι φοιτητών ετησίως. Δίδασκαν δέκα καθηγητές και τέσσερις υφηγητές από τους οποίους οι έξι ανήκαν στη Φυσικομαθηματική Σχολή και πέντε στην Ιατρική.
Το τμήμα Φαρμακευτικής αποτελούνταν αρχικά από δύο έδρες: α) Φαρμακευτικής Χημείας μετά στοιχείων Φαρμακογνωσίας, και β) Φαρμακοτεχνίας και Φαρμακευτικής Τεχνολογίας και από δύο εργαστήρια α) Φαρμακευτικής Χημείας μετά στοιχείων Φαρμακογνωσίας και β) Φαρμακοτεχνικόν και Ελέγχου Φαρμάκων τα οποία αρχικά εντάχθηκαν στην τότε Φυσικομαθηματική Σχολή (ΦΕΚ Α’ 205, 12-10-1957). Τα φαρμακευτικά μαθήματα πρωτοδίδαξε ο αείμνηστος Κωνσταντίνος Μακρής, ο οποίος δίδασκε Φαρμακογνωσία, Φαρμακευτική Χημεία και Φαρμακοτεχνία.
Γύρω στα 1970 και μετά την απομάκρυνση του καθηγητού Μακρή (1968), τα φαρμακευτικά μαθήματα ανέλαβαν οι αείμνηστοι καθηγητές Γεώργιος Φωκάς (Φαρμακογνωσία και Φαρμακευτική Χημεία) και Νικόλαος Οικονόμου – Πέτροβιτς (Φαρμακευτική Τεχνολογία-Συνταγοτεχνία). Το 1983, έγινε η ένταξη των δύο εργαστηρίων στο Τμήμα Φαρμακευτικής με την υπουργική απόφαση Αριθ. Β1/107 (ΦΕΚ Β’ 73, 24-2-1983) και με την υπουργική απόφαση Αριθ. Β1/211 (ΦΕΚ Β’ 92, 8-3-1983) συστάθηκαν στο Τμήμα Φαρμακευτικής δύο τομείς: ο Τομέας Φαρμακευτικής Χημείας και ο Τομέας Φαρμακευτικής Τεχνολογίας και στους οποίους Τομείς εντάχθηκαν τα αντίστοιχα Εργαστήρια.
Με προεδρικό διάταγμα (Π.Δ.130, ΦΕΚ Α’ 57, 3-5-1983) το Τμήμα Φαρμακευτικής εντάχθηκε το 1983 στη Σχολή Επιστημών Υγείας. Το 1985, με την υπουργική απόφαση Αριθ. Β1/780α (ΦΕΚ Β’ 689, 15-11-1985) ιδρύθηκε ο Τομέας Φαρμακογνωσίας-Φαρμακολογίας στον οποίο εντάχθηκαν μετέπειτα ιδρυθέντα εργαστήρια Φαρμακογνωσίας και Φαρμακολογίας (Π.Δ. 491 & 492, ΦΕΚ Α’ 227, 23-12-1987). Τα γνωστικά αντικείμενα των Τομέων του Τμήματος καθορίσθηκαν με την υπουργική απόφαση Αριθ. Β1/676 (ΦΕΚ Β’ 27, 19-1-1987).
Μετά την κατάργηση της Σχολής Επιστημών Υγείας, το 2004, με το Π.Δ. 247 (Φ.Ε.Κ. Α’ 235, 30-11-2004), το Τμήμα Φαρμακευτικής Α.Π.Θ. υφίσταται ως αυτοτελές. Το 1997, με το Προεδρικό Διάταγμα Αριθ. 232 (ΦΕΚ Α’ 175, 1-10-1997) ιδρύθηκε το Εργαστήριο Φαρμακευτικής Ανάλυσης ενταγμένο στον Τομέα Φαρμακευτικής Τεχνολογίας.
Aπό της ιδρύσεώς του το Τμήμα Φαρμακευτικής στεγάστηκε στον 3ο όροφο του Χημείου όπου και παρέμεινε μέχρι το 1989. Το έτος 1989 το Τμήμα μεταφέρθηκε σε τρεις ορόφους του κτιρίου της Νέας Πτέρυγας της Σχολής Θετικών Επιστημών (κτίριο Φαρμακευτικής-Βιολογίας) όπου στεγάζεται μέχρι σήμερα.
Στο Τμήμα Φαρμακευτικής εγγράφονται 110 έως 150 φοιτητές ετησίως. Το σύνολο των φοιτητών του είναι περίπου 700 και τα ειδικά φαρμακευτικά μαθήματα διδάσκονται από πέντε τακτικούς καθηγητές, επτά αναπληρωτές καθηγητές, επτά επίκουρους καθηγητές και μία λέκτορα. Τα μη ειδικά φαρμακευτικά μαθήματα διδάσκονται από μέλη ΔΕΠ των Τμημάτων Χημείας, Ιατρικής, Κτηνιατρικής, Μαθηματικών, Φυσικής και Βιολογίας.
Από το ακαδημαϊκό έτος 2001–2002 το Τμήμα Φαρμακευτικής οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στη Φαρμακευτική, το οποίο απονέμει Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης με έμφαση σε συγκεκριμένους κλάδους της Φαρμακευτικής, καθώς και Διδακτορικό Δίπλωμα στη Φαρμακευτική.