Το Tμήμα Φιλολογίας ιδρύθηκε το 1994 (Π.Δ. 305/94, ΦΕΚ 163/4-10-1994) και δέχθηκε τους πρώτους φοιτητές του το ακαδημαϊκό έτος 1997-98. Το Τμήμα αυτονομήθηκε τον Οκτώβριο του 2001.
Το Τμήμα Φιλολογίας προσφέρει πρόγραμμα σπουδών σε τρεις ειδικεύσεις:
- Κλασική Φιλολογία (Αρχαία Ελληνικά και Λατινικά)
- Βυζαντινές και Νεοελληνικές Σπουδές
- Γλωσσολογία.
Το πρόγραμμα σπουδών οδηγεί σε ενιαίο πτυχίο με ειδίκευση.
Βασικός σκοπός του Τμήματος είναι να υπηρετήσει την έρευνα, καλλιεργώντας τα γνωστικά πεδία που στεγάζει, και να εφοδιάσει τους φοιτητές με τις απαραίτητες γνώσεις ώστε να ανταποκριθούν επάξια στα μελλοντικά τους επαγγελματικά καθήκοντα.
Το Τμήμα Φιλολογίας έχει επίσης ως στόχο να δημιουργήσει ένα φάσμα διεπιστημονικών σπουδών, εγκαινιάζοντας συνεργασίες με επιστήμονες διαφόρων ειδικοτήτων, άλλων σχολών του ίδιου ή άλλων πανεπιστημίων, της Ελλάδας και του εξωτερικού. Δεδομένου ότι στεγάζεται σε ένα πανεπιστήμιο, που – ως προς τη γεωγραφική θέση – αποτελεί μια από τις σημαντικότερες πύλες της Ελλάδας προς την Ευρώπη, το Τμήμα Φιλολογίας ενθαρρύνει την επικοινωνία, την έρευνα και την ανταλλαγή φοιτητών και διδασκόντων με σημαντικά πανεπιστήμια άλλων χωρών. Στα έως τώρα χρόνια λειτουργίας του έχει ήδη στο ενεργητικό του ερευνητικά και εκπαιδευτικά προγράμματα, συνέδρια, θερινά σχολεία, προσκλήσεις διακεκριμένων επιστημόνων από όλον τον κόσμο και αρκετούς μεταπτυχιακούς φοιτητές του σε σημαντικά πανεπιστήμια της Ευρώπης και της Αμερικής. Επιπλέον έχει δεχθεί φοιτητές από ξένα πανεπιστήμια στο πλαίσιο του προγράμματος Socrates / Erasmus .