Το Τμήμα Κτηνιατρικής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας ιδρύθηκε με το ΠΔ 177/1993, είναι δε ενταγμένο στη Σχολή Επιστημών Υγείας του Πανεπιστημίου και εδρεύει στην Καρδίτσα. Η λειτουργία του Τμήματος άρχισε το 1994, από τότε δε το Τμήμα συμμετέχει ενεργά στην εκπαίδευση των Ελλήνων κτηνιάτρων. Ο πρώτος κτηνίατρος αποφοίτησε το 1999 και ο πρώτος διδάκτορας αναγορεύτηκε το 2004. Το Τμήμα έγινε αυτοδύναμο το 2006. Το 2011 πραγματοποιήθηκε με απόλυτη επιτυχία αξιολόγηση του Τμήματος από την ΑΔΙΠ από επιτροπή αξιολογητών από την αλλοδαπή. Από το 2003, το Τμήμα έχει γίνει τακτικό μέλος της Ευρωπαϊκής Ένωσης Ιδρυμάτων Κτηνιατρικής Εκπαίδευσης (European Association of Veterinary Educational Establishments – EAEVE). Το 2017 πραγματοποιήθηκε αξιολόγηση του Τμήματος από το Ευρωπαϊκό Σύστημα Αξιολόγησης της Κτηνιατρικής Εκπαίδευσης (European System of Evaluation of Veterinary Training).
Το Τμήμα Κτηνιατρικής καλλιεργεί το γνωστικό αντικείμενο της κτηνιατρικής επιστήμης και έχει την ευθύνη της οργάνωσης και της υλοποίησης της εκπαιδευτικής και ερευνητικής δραστηριότητας στο αντικείμενο αυτό. Αποστολή του Τμήματος είναι η κατάρτιση επιστημόνων, οι οποίοι θα θεραπεύουν το κτηνιατρικό επάγγελμα, απασχολούμενοι στους τομείς της υγείας και της προστασίας των ζώων, της αύξησης και της βελτίωσης της ζωικής παραγωγής, της υγιεινής και της τεχνολογίας των προϊόντων ζωικής προέλευσης, της προστασίας των ανθρώπων από τις ζωοανθρωπονόσους, της προστασίας του περιβάλλοντος, της πειραματικής ιατρικής, της κτηνιατρικής έρευνας και των εφαρμογών της. Επιπλέον, με την ερευνητική δραστηριότητα και την ακαδημαϊκή διδασκαλία, το Τμήμα αποσκοπεί στην καλλιέργεια και στην προαγωγή της κτηνιατρικής επιστήμης, στην εξύψωση και στην ανάδειξη του κτηνιατρικού επαγγέλματος και στην αντιμετώπιση και στην επίλυση προβλημάτων σχετικών με την κτηνιατρική επιστήμη.
Το Τμήμα παρέχει Πτυχίο Κτηνιατρικής, Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης, Διδακτορικό Δίπλωμα και τίτλους μετεκπαίδευσης μετά την ολοκλήρωση των προκαθορισμένων σπουδών και την επιτυχία στις σχετικές εξετάσεις.