Το Τμήμα Μουσικών Σπουδών ανήκει στη Φιλοσοφική Σχολή του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών. Έχει πρωτίστως επιστημονική φυσιογνωμία και καλλιεργεί την έρευνα της μουσικής και την επιστήμη της μουσικολογίας σε όλες τις σύγχρονες εκφάνσεις της. Πολλά μέλη ΔΕΠ του Τμήματος είναι και μουσικοί, με σημαντική καλλιτεχνική παρουσία τόσο στο εσωτερικό της χώρας όσο και στο εξωτερικό.
Η συνύπαρξη διαφόρων επιστημονικών πεδίων και επιστημολογικών τάσεων στο Τμήμα διαμορφώνει ένα πλαίσιο μουσικών σπουδών σύγχρονων και διεθνών προδιαγραφών. Το Πρόγραμμα Σπουδών του Τμήματος έχει ευρύ επιστημονικό ορίζοντα και κριτικό, διεπιστημονικό, προσανατολισμό. Οι φοιτητές και οι φοιτήτριες καλλιεργούν την επιστημονική σκέψη και πρακτική, μαθαίνοντας τη σημασία της μουσικής γνώσης σε συνάρτηση με τα γνωστικά συστήματα στα οποία εντάσσεται η δεξιότητα της μουσικής. Για παράδειγμα, αντιμετωπίζουν την ελληνική μουσική στο σύνολο της ιστορικής της έκφρασης ως αρχαία, βυζαντινή (εκκλησιαστική και κοσμική), δημοτική και λαϊκή παραδοσιακή, την ευρωπαϊκή, την ηλεκτροακουστική κ.α., σε ευρύ και κριτικό επιστημονικό πλαίσιο.
Το Τμήμα χωρίζεται σε τρείς τομείς:
Α. Τομέας Ιστορικής και Συστηματικής Μουσικολογίας
Β. Τομέας Εθνομουσικολογίας και Πολιτισμικής Ανθρωπολογίας
Γ. Τομέας Τεχνολογίας Ήχου, Μουσκοπαιδαγωγικής και Βυζαντινής Μουσικολογίας
Στους αποφοίτους του Τμήματος παρέχεται η δυνατότητα μεταπτυχιακών σπουδών αφενός στη «Μουσικολογία» [και ειδικότερα σε μία εκ των τεσσάρων κατευθύνσεων (Ιστορική και Συστηματική Μουσικολογία, Εθνομουσικολογία και Πολιτισμική Ανθρωπολογία, Μουσική Τεχνολογία, Βυζαντινή Μουσικολογία) που αντιστοιχούν σε εκείνες του προπτυχιακού προγράμματος σπουδών], αφετέρου στην «Ερμηνεία ενόργανης και φωνητικής μουσικής» [και ειδικότερα σε μία εκ των τεσσάρων κατευθύνσεων (Εκτέλεση/Ερμηνεία της Δυτικής Έντεχνης Μουσικής, Εκτέλεση/Ερμηνεία της Παραδοσιακής Μουσικής, Εκτέλεση /Ερμηνεία της Jazz Μουσικής & Νέες Τεχνολογίες, Εκτέλεση /Ερμηνεία της Ψαλτικής Τέχνης]. Λειτουργεί επίσης το Διατμηματικό Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα με τίτλο «Μουσική και κουλτούρα: Διεπιστημονικές αναλύσεις και εφαρμογές», σε συνεργασία με το Τμήμα Επικοινωνίας και Μέσων Μαζικής Ενημέρωσης του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών. Τέλος, στο Τμήμα έχουν εκπονηθεί και βρίσκονται υπό εκπόνηση δεκάδες διδακτορικές διατριβές σε αντικείμενα συναφή προς όλες τις επιμέρους κατευθύνσεις και γνωστικά πεδία.