Το Τμήμα Θεολογίας του Α.Π.Θ., αποσκοπεί στο να πραγματοποιεί έρευνα και να προσφέρει υψηλού επιπέδου εκπαίδευση στο επιστημονικό πεδίο της θεολογίας και στην επιστημονική μελέτη της θρησκείας και του πολιτισμού. Βασικός του στόχος είναι να προετοιμάσει, πρώτο, τους μελλοντικούς θεολόγους εκπαιδευτικούς που θα στελεχώσουν τη Δευτεροβάθμια Εκπαίδευση, δεύτερο, θεολογικά καταρτισμένους κληρικούς που θα στελεχώσουν την Εκκλησία, τρίτο, στελέχη για διάφορους πολιτιστικούς, εκκλησιαστικούς και κοινωνικούς οργανισμούς, τέταρτο, τους μελλοντικούς επιστήμονες που θα ασχολούνται με τη μελέτη αφενός της χριστιανικής θεολογίας, με ιδιαίτερη έμφαση στην Ορθόδοξη Θεολογία και παράδοση, και αφετέρου της θρησκείας και της σχέσης της με την κοινωνία και τον πολιτισμό.
Αναγνωρίστηκε ως αυτοδύναμο Τμήμα με δική του διοικητική οργάνωση και αυτοτέλεια διοικητική και εκπαιδευτική με βάση το Ν. 1268/82. Η ιστορία του όμως συνυφαίνεται με την ιστορία της Θεολογικής Σχολής του ΑΠΘ, που άρχισε να λειτουργεί το 1941.
Η ίδρυση Θεολογικής Σχολής στη Θεσσαλονίκη είχε ενταχθεί στο γενικότερο σχεδιασμό για την ίδρυση Πανεπιστημίου στη Θεσσαλονίκη αμέσως μετά την απελευθέρωση της πόλης το 1912. Το σχέδιο όμως αυτό πραγματοποιήθηκε αργότερα λόγω των πολεμικών γεγονότων που επακολούθησαν. Η κυβέρνηση του Αλέξανδρου Παπαναστασίου με Νόμο του 1925 ίδρυσε το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, που άρχισε να λειτουργεί το επόμενο έτος. Σχεδιάστηκε με τις πέντε Σχολές: Θεολογική, Φιλοσοφική, Νομική, Ιατρική και Φυσικομαθηματική. Άρχισαν να λειτουργούν η Φιλοσοφική (το 1926), η Φυσικομαθηματική (το 1927), η Νομική (το 1928), η Γεωπονοδασολογική (το 1937), ενώ η Θεολογική και η Ιατρική λειτούργησαν το 1941-42.
Αρχικά είχε δέκα έδρες που αργότερα έγιναν είκοσι. Οι αρχικές έδρες ήταν: Γενικής Εκκλησιαστικής Ιστορίας, Γενικής Εκκλησιαστικής Γραμματολογίας, Εκκλησιαστικού Δικαίου, Εισαγωγής και Ερμηνείας της Παλαιάς Διαθήκης εκ τε του πρωτοτύπου και της μεταφράσεως των εβδομήκοντα (Ο΄), Εισαγωγής και Ερμηνείας της Καινής Διαθήκης, Συστηματικής Θεολογίας, Θρησκειολογίας και Φιλοσοφίας, Κατηχητικής και Ιστορίας της Χριστιανικής Αγωγής, Λειτουργικής και Εκκλησιαστικής Ομιλητικής, Ποιμαντικής, Εξομολογητικής και Ιεραποστολής.
Οι πρώτοι που διετέλεσαν καθηγητές της Θεολογικής Σχολής ήταν οι: Βασίλειος Ιωαννίδης (της Εισαγωγής και Ερμηνείας της Κ.Δ.), Αβέρκιος Παπαδόπουλος, Δημήτριος Πετρακάκος, Δημήτριος Μωραΐτης (της Ομιλητικής και Λειτουργικής), Βασίλειος Έξαρχος (της Κατηχητικής και Εγκυκλοπαιδείας της Θεολογίας), Κωνσταντίνος Μπόνης (της Πατρολογίας μετ’ αναγνώσεως των πατερικών έργων), Δημήτριος Κουϊμουτσόπουλος, Ιωάννης Τράκας (της Θρησκειολογίας), Γεράσιμος Κονιδάρης, Μάρκος Σιώτης (της Ιστορίας των χρόνων και Ερμηνείας της Κ.Δ.), Μητροπολίτης Άνθιμος Σίσκος, Παρθένιος Πολάκης (της Γενικής Εκκλησιαστικής Ιστορίας).
Σε αυτούς προστέθηκαν βαθμιαία οι: Αθανάσιος Χαστούπης (της Εισαγωγής και Ερμηνείας της Π.Δ.), Ιωάννης Καλογήρου (της Ιστορίας των Δογμάτων και της Οικουμενικής Κινήσεως), Παναγιώτης Χρήστου (της Πατρολογίας), Ιερώνυμος Κοτσώνης (του Κανονικού Δικαίου και της Ποιμαντικής), Σάββας Αγουρίδης (της Εισαγωγής και Ερμηνείας της Κ.Δ.), Ευάγγελος Θεοδώρου (της Ομιλητικής και της Λειτουργικής), Ανδρέας Παπαγεωργακόπουλος (της Ιστορίας των χρόνων και Ερμηνείας της Κ.Δ.), Ιωάννης Αναστασίου (της Γενικής Εκκλησιαστικής Ιστορίας), Κωνσταντίνος Καλοκύρης (της Χριστιανικής και Βυζαντινής Αρχαιολογίας), Παναγιώτης Δημητρόπουλος (της Ηθικής και Χριστιανικής Κοινωνιολογίας), Ευάγγελος Σδράκας (της Θρησκειολογίας).
Η Θεολογική Σχολή συστεγαζόταν στο παλαιό νεοκλασικό κτίριο της Φιλοσοφικής με τη Φιλοσοφική και τη Νομική και εν μέρει με τη Φυσικομαθηματική στο υπόγειο του κτιρίου της μέχρι το 1971, οπότε απέκτησε δική της στέγη.
Με βάση την Υπουργική Απόφαση 118737/19 Δεκ. 1963, που υπέγραψε ο τότε Γενικός Γραμματέας του Υπουργείου Παιδείας Ευάγγελος Παπανούτσος, δημιουργήθηκαν τρία τμήματα στη Θεολογική Σχολή: α) θεολογίας, β) ποιμαντικής, και γ) εκκλησιαστικής και κοινωνικής διακονίας. Τα τμήματα αυτά, που ήταν στην πραγματικότητα τρεις κατευθύνσεις ή προγράμματα εξειδίκευσης, είχαν αρκετά κοινά μαθήματα, αλλά και αρκετά που ήταν διαφορετικά. Τα μαθήματα, υποχρεωτικά και επιλεγόμενα, πραγματοποιούνταν σε ετήσια βάση και οι παρακολουθήσεις ήταν υποχρεωτικές.
Με βάση όμως το Ν. 1268/1982 (ΦΕΚ Α΄ 87) που πρόβλεπε στο άρθρο 6 παρ. 2 ότι: «οι Σχολές διαιρούνται σε Τμήματα. Το Τμήμα αποτελεί τη βασική λειτουργική ακαδημαϊκή μονάδα και καλύπτει το γνωστικό αντικείμενο μιας επιστήμης», η Θεολογική Σχολή διαιρέθηκε σε δύο αυτοτελή Τμήματα: α) Θεολογίας, και β) Ποιμαντικό, τα οποία ανέλαβαν τόσο το εκπαιδευτικό όσο και το αντίστοιχο διοικητικό έργο. Τα μέλη ΔΕΠ της Θεολογικής Σχολής και του επικουρικού διδακτικού προσωπικού της, που μέχρι τώρα αποτελούσαν ένα ενιαίο σώμα, κλήθηκαν να επιλέξουν το Τμήμα στο οποίο θα ήθελαν να ενταχθούν. Έτσι πραγματοποιήθηκε η διαίρεση της Σχολής σε δύο αυτοτελή Τμήματα, τα οποία έχουν δικό τους πρόγραμμα και παρέχουν ιδιαίτερα πτυχία, μεταπτυχιακά και διδακτορικά διπλώματα.
Πρώτος Πρόεδρος του Τμήματος Θεολογίας μετά την κατανομή του προσωπικού της Σχολής και την ένταξή του στα δύο Τμήματα εξελέγη ο καθηγητής Δαμιανός Δόϊκος.
Από το 1983 συστάθηκαν και λειτουργούν στο Τμήμα Θεολογίας οι εξής πέντε τομείς:
1.Τομέας Βιβλικής Γραμματείας και Θρησκειολογίας.
2.Τομέας Εκκλησιαστικής Ιστορίας, Χριστιανικής Γραμματείας, Αρχαιολογίας και Τέχνης.
3.Τομέας Δογματικής Θεολογίας.
4.Τομέας Λατρείας, Χριστιανικής Αγωγής και Εκκλησιαστικής Διοίκησης
5.Τομέας Ηθικής και Κοινωνιολογίας.
Το Τμήμα Θεολογίας του Α.Π.Θ. στοχεύει:
Α. Στην ανάπτυξη των βιβλικών σπουδών, στη διαχρονική μελέτη της θρησκείας από κοινωνιολογική, ιστορική και γενικότερα επιστημονική άποψη, δίνοντας έμφαση στη μελέτη του Χριστιανισμού και της Ορθοδοξίας, καθώς και του Ιουδαϊσμού, των θρησκευμάτων της Ελληνορωμαϊκής περιόδου και του Ισλάμ.
Β. Στη μελέτη της χριστιανικής γραμματείας, του δόγματος σε συνδυασμό με τη μελέτη των φιλοσοφικών προϋποθέσεών του, της ιστορίας της εκκλησίας, της Βυζαντινής, μεταβυζαντινής και σύγχρονης εκκλησιαστικής τέχνης, των σχέσεων θρησκείας και κράτους, της λειτουργικής και νομοκανονικής παράδοσης και της σύγχρονης επικοινωνιακής πρακτικής της εκκλησίας.
Γ. Στην ψηφιακή επεξεργασία και ανάδειξη αντικειμένων, στοιχείων, κειμηλίων κ.λπ. που άπτονται θεολογικών και λοιπών δεδομένων έρευνας του Τμήματος.
Δ. Στη μελέτη των κοινωνικών προβλημάτων, της διαμόρφωσης της σύγχρονης κοινωνίας και των μορφών της σύγχρονης θρησκευτικότητας, και γενικότερα της θρησκείας, καθώς και των ζητημάτων που σχετίζονται με τη χριστιανική ηθική και το ποιμαντικό και κοινωνικό έργο της εκκλησίας και των τοπικών κοινοτήτων.
Ε. Στη μελέτη των σχέσεων θεολογίας και πολιτισμού, του οικουμενικού διαλόγου των εκκλησιών και του διαθρησκειακού διαλόγου.
ΣΤ. Στην έρευνα, πρώτο, των παιδαγωγικών μεθόδων για τη μετάδοση των μορφωτικών αγαθών που παρέχονται μέσα από το μάθημα των θρησκευτικών, δεύτερο, των νομικών προβληματισμών και πολιτισμικών εξελίξεων σε εθνικό και ευρωπαϊκό επίπεδο σχετικά με το μάθημα αυτό, και τρίτο, του τρόπου βελτίωσης του κατηχητικού έργου της Εκκλησίας. Από άποψη προσωπικού το Τμήμα Θεολογίας διαθέτει ένα πλούσιο επιστημονικό δυναμικό. Παρά την αποχώρηση λόγω συνταξιοδότησης αρκετών από τα μέλη του, αποτελείται σήμερα από δεκατέσσερις καθηγητές πρώτης βαθμίδας, έξι αναπληρωτές καθηγητές, δεκαπέντε επίκουρους καθηγητές και τρεις λέκτορες.
Παρέχει βασικό πτυχίο, μεταπτυχιακό δίπλωμα ειδίκευσης με διάφορες επιμέρους ειδικεύσεις και διδακτορικό δίπλωμα.